Pokémon Masters EX מקים קשת סיפור חדשה, המאפשרת לגיימרים לקבל וריאציות חדשות של מאמנים אהובים על המעריצים. כחלק מהמשך חגיגת יום השנה השני למשחק, המפתחים DeNA הכריזו על הקדמה של קשת סיפור מרכזית חדשה המתמקדת בדמויות מהדור הראשון.
הקדמת אירוע הנבל: Looming Shadow of Kanto יתחיל ב-15 בספטמבר, ויכלול זוגות סנכרון חדשים של אדום וכחול. פרק Kanto של קשת הנבל יתחיל לפעול במלוא המרץ ב-29 בספטמבר. קשת הסיפור החדשה הזו מגדירה סכסוך חדש עם Team Rocket, כאשר למאמני הפוקימונים Red and Blue יש תפקיד בהקדמה.
צמדי הסנכרון החדשים של אדום וכחול מבוססים על ההופעות האייקוניות שלהם מ-Pokémon FireRed ו-LeafGreen. אדום משויך לסנורלקס, שיכול להפוך לצורת Dynamax הענקית שלו. בצורת Dynamax, Snorlax יכול להשתמש במהלכים מקסימליים. Snorlax יכולה גם להעלות את שיעורי הפגיעה הקריטיים של בעלי ברית ולרפא אותם. כחול משולב עם Aerodactyl, שיכול מגה להתפתח למגה Aerodactyl כדי לגרום נזק נוסף. צמד הסנכרון הזה מסוגל להעלות גם את שיעורי הפגיעה הקריטיים של כל בעלות הברית.
Pokémon Masters EX הוא משחק נייד שפותח על ידי DeNA. שחקנים במשחק יכולים לגייס זוגות סנכרון של מאמנים שונים ופוקימונים. בעוד שבמשחקים המרכזיים יש שחקנים שתופסים כל פוקימון אפשרי באזור, במקום זאת, ב-Masters EX, גיימרים אוספים מאמנים אהובים על האוהדים עם הפוקימון האס שלהם.