לאורך כל המשחק Yu-Gi-Oh! דו-קרב מאסטר, אתה עלול להיתקל בכמה חבילות סודיות מעת לעת. חבילות סודיות הן תכונה שבעלי הכותרת ימצאו עם הזמן, אבל התהליך של גילוי חבילות אלה עשוי להיות מעט מסובך. אנחנו יכולים לעזור עם זה, אז בוא נעבור על כל הדברים שאתה צריך לדעת על חבילות סודיות, וכן כיצד לפתוח אותן.
חבילות סודיות הן חבילות נסתרות שלא ניתן להשיג מיד בחנות ב-Yu-Gi-Oh! דו-קרב מאסטר. ניתן לגלות חבילות סודיות על ידי פתיחת חבילות עם אבני חן, ובתמורה, מציאת מפתחות בחבילות האמורות תוביל למציאת חבילות חדשות.
ככל שמוצאים את המפתחות האלה, הפריטים האלה מגיעים בדרך כלל בחבילות עם כרטיסי SR ו-UR נדירים. בעת פתיחת חבילות, ניתן למצוא את ספירת המפתחות בפינה השמאלית העליונה של המסך.

חבילות סוד ממוינות בדרך כלל לפי ארכיטיפ, מכיוון שכל אחת מהן מכילה סיכוי טוב יותר לקבל כרטיסים נדירים שניתן למצוא באמצעות יצירה או חבילות מאסטר. לדוגמה, חבילה סודית אחת כזו נקראת "התכלת שבשנהב", המציעה כרטיסי תמיכה כחולי עיניים כגון Blue-Eyes Spirit Dragon, Blue-Eyes Chaos MAX Dragon ו- Blue-Eyes Alternative Dragon.
סוג החבילה שייפתח בשיטה זו יהיה תלוי אילו קלפים נשלפים מהחבילות. לדוגמה, משיכת ליבת דרקון סייבר אמורה לאפשר את פתיחת הנעילה של ערכת סוד הדרקון הסייבר.
לפי מידע הדו-קרב המאסטר, ארבעה מתוך שמונת הקלפים בכל חבילה סודית משותפים לכל חבילות המאסטר. ארבעת הנותרים נשלפים מהכרטיסים המומלצים של הסט, אותם ניתן למצוא לפני בחירת מספר החבילות שברצונך לרכוש.
עם זאת, ישנה דרך אחרת למצוא ולפתוח את החבילות הסודיות, והיא על ידי יצירת קלפים השייכים לסט המסוים הזה. אם אתה, למשל, צריך SR או UR מקבוצה של חבילה סודית, הקפד לעיין בקטע 'כיצד להשיג' בכרטיס. לאחר שראית איזו חבילה סודית מכילה את הכרטיס הזה, צור עותק SR או UR של כרטיס מהחבילה. לאחר מכן, החבילה הסודית אמורה להיות זמינה בחנות.